La Juine prend sa source à Autruy-sur-Juine dans le Loiret au lieu-dit « le Bois de la Muette » et se jette dans l’Essonne à Vert-le-Petit. D’une longueur de 52 km, elle traverse 18 communes dont les plus importantes sont Etampes, Etréchy et Lardy. Elle reçoit les eaux de 4 principaux affluents : l’Eclimont en rive droite, la Marette de Guillerval, la Louette et la Chalouette, en rive gauche.

Entaille dans le vaste plateau de la Beauce, la Vallée de la Juine présente une diversité de paysages qui dénote avec le paysage ouvert du plateau beauceron. Les méandres de la rivière ont créé une topographie variée où prédominent les boisements et prairies alluviales entrecoupés de villages, domaines et cressonnières. A l’approche de l’agglomération parisienne, l’urbanisation se fait certes plus dense, s’étendant le long de la rivière, mais s’entend avec les massifs forestiers des versants. La basse vallée, aux pentes plus douces, accueille les boisements alluviaux et les vastes espaces humides autour de la commune de Saint-Vrain, à l’image de l’emblématique marais d’Itteville.

La Juine est classée en première catégorie piscicole en amont d’Etampes, où les espèces rhéophiles profitent des eaux courantes en tête de bassin aux températures plus fraîches, aux eaux plus rapides et mieux oxygénées. La basse vallée, classée en seconde catégorie piscicole, accueille les espèces cyprinicoles, limnophiles, évoluant dans les eaux plus calmes et plus profondes aux substrats sableux à vaseux. Un grand migrateur est présent sur le territoire : l’Anguille Européenne, recensée à plusieurs reprises sur l’ensemble du réseau hydrographique, Juine et affluents. Les Carnassiers sont représentés par le Brochet, le Sandre, la Perche ou la Truite.