La Juine, telle qu’elle se présente aujourd’hui, est une rivière artificielle qui a été façonnée par la main de l’homme au 18^ème siècle lors de l’implantation historique des moulins. La rivière a été divisée en biefs, c’est-à-dire en tronçons compris entre deux chutes d’eau, et son cours a été modifié : recalibrage, rectification, curage… On dénombre 40 biefs sur le lit principal de la Juine et 45 biefs sur ses 4 affluents. Les 85 biefs artificiels surplombent l’ancien lit ou « marette » : on dit que la Juine est une rivière perchée.

Le moulin de Brunehaut sur la Rivière    d'Etampes	Une cressonnière à Méréville, à proximité du      bief de Courcelles

De nombreuses cressicultures, typiques du bassin de la Juine, se trouvent entre Autruy-sur-Juine et Saclas. Alimentées par des sources, des puits artésiens et quelques pompages, les cultures de cresson obligent à une gestion précise des niveaux d’eau. En effet, en cas de débordement des eaux de la rivière dans les cultures, le cresson est interdit à la vente (risques de contamination par la douve du foie). Aujourd’hui, les cressonnières en activité se raréfient, mais la gestion des niveaux d’eau reste cruciale pour la pérennité de cette activité économique.

La Juine est une rivière de nappe. Elle est alimentée à 80% par l’eau issue de nappes souterraines dont la plus importante est la nappe de Beauce. Son alimentation naturelle se fait par une série de sources. Le débit de la Juine peut varier d'un facteur 1 à 9 en fonction de la hauteur de la nappe de Beauce et selon des cycles qui s’étalent sur plusieurs années. Ainsi, au moulin de Glaire à Méréville, le débit minimum mesuré est de 0,3 m³/seconde et le débit maximum de 2,7 m³/seconde. Ces variations de hauteur de la nappe ont une incidence directe sur le point de naissance de la Juine. La migration altitudinale des sources sur environ 4,5km est un phénomène bien connu des habitants de la haute vallée. Toutefois, le débit permanent de la rivière varie peu au cours d’une même année. La Juine est une rivière calme qui ne connaît ni crues ni étiages.

Une partie des sources de la Juine à Autruy-sur-Juine	Un ouvrage de gestion des niveaux d'eau sur la Juine à Vert-le-Petit